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根据卫生部最新文件，医疗机构传染病防治日常督导工作应该由监督所去做。
回楼上：绩效考核指标，其中医疗机构传染病漏报率中要求：督导过程必须是疾控机构人员到现场督导。对各医疗机构的工作县级疾控机构应该每月进行督导。可以依据医疗机构的公共卫生职能对医疗机构进行联合督导，但必须包含关于传染病报告的内容。如果各地对医疗机构规范开展每月一次的督导或检查，内容中有漏报调查结果的，漏报结果可以纳入评估。与疫情报告督导覆盖率可以同时考核，综合考虑。

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根据卫生部最新文件，医疗机构传染病防治日常督导工作应该由监督所去做。